Het boek van verloren namen is een ode aan de veerkracht van de menselijke geest.

Eva Traube Abrams, een bibliothecaresse in Florida die eigenlijk al aan haar pensioen toe is, ruimt op een ochtend boeken op als haar oog valt op een foto in een openliggend tijdschrift. Ze verstijft; het is een afbeelding van een achttiende-eeuws religieus boekwerk  dat ze herkent als 'het boek van verloren namen'. Het bijbehorende artikel gaat over plundering van Europese bibliotheken door de nazi's gedurende de Tweede Wereldoorlog - iets wat Eva zich levendig herinnert - en de inspanningen van hedendaagse onderzoekers om belangrijke boeken aan hun rechtmatige eigenaren terug te geven.

Het boek, dat zich nu in Berlijn bevindt, lijkt een soort code te bevatten, maar onderzoekers weten niet wat die betekent. Alleen Eva kent het antwoord op die vraag: in de oorlog hielp ze Joodse kinderen aan de nazi's te ontkomen. Daarvoor hadden de kinderen een nieuwe naam nodig. Om hun ware identiteit niet voor altijd verloren te laten gaan, werd die gecodeerd en verborgen in 'het boek van verloren namen'. Na de oorlog heeft Eva haar oorlogsherinneringen diep weggestopt. Heeft ze nu de kracht om terug te keren naar die traumatische tijd en de waarheid te onthullen?